L'armée française est à la fois acteur essentiel et enjeu central de l'Affaire.
Acteur essentiel la responsabilité des ministres de la Guerre, des généraux de l'Etat-Major, des officiers chargés de l'enquête et avec eux d'une certaine classe politique est incontestable. Il est par contre plus difficile de comprendre pourquoi celle ci s'est laissée enfermer dans le mensonge.
Pourquoi l'enquête fut-elle baclée? Pourquoi, après les révélations de Picquart le général Gonse persiste à penser que l'innocence de Dreyfus ne doit pas être prise en ligne de compte ?
"Je ne voudrais pas me laisser aller, pas même ici, dans cette cité reconstituée sur les ruines de la frontière et qui est demeurée comme la cicatrice plus sensible d'une plaie mal fermée...mais lorsqu'on suit comme nous le faisons cette propagande qui s'attaque ausx sources vives de la vie nationale et qui poursuit son oeuvre de désorganisation, et qui répand son poison, de l'Université au Parlement et de l'école à la caserne, comment ne pas évoquer le souvenir des sentiments et des tendances qui avaient pénétré au lendemain des désastres de 1870 toutes les âmes françaises...
Et tous ceux qui sont morts en 1870 comme ceux qui ont travaillé depuis à reconstituer la puissance militaire de la France ont été dominés par une seule idée, par l'idée que le désastre de 1870 n'était point une condamnation sans appel...et que la grandeur d'une nation, le rayonnement intellectuel de son génie national, aussi bien que le développement de ses intérêts matériels, dépendaient étroitement du développement et de l'affirmation de sa puissance militaire..."
Godefroy Cavaignac, Conférence à Nancy, 1er décembre 1901
Cavaignac, ancien ministre de la Guerre en 1895 et 1898, républicain et adversaire de la révision du procès Dreyfus dévoile ici les motivations de l'armée et au-delà de l'opinion anti-dreyfusarde. A ceux qui défendent la conception pour laquelle la justice militaire ne doit pas obéir à des principes différents de la justice de la République, Cavaignac oppose celle pour laquelle l'honneur de l'armée doit passer avant tout car, dans un avenir proche celle-ci sera peut-être amenée à reconquérir les provinces perdues. En aucun cas l'armée ne doit être fragilisée. Si une erreur a été commise, elle doit être tue.